Bueno, a mi me paso algo parecido. Te cuento mi experiencia
1. Ella se enamoro de mi tambien, el primer año, y me pidio salir, yo en ese momento ni me lo planteaba lo de salir con ella, por lo que le insinue que no me interesaba (Hasta ahi es igual que tu)
2. Paso el tiempo y nos hizimos mejores amigos, también nos lo contabamos todo, y adquirimos una gran confianza (También como tu)
3. Con el tiempo me fuí enamorando, hasta que ya no pude mas, y me declare por un carta, sin embargo ella me dijo que no ¿Que porque? Porque preferia conservar nuestra amistad, antes de ser novios, arriesgarla y perderla (Este es el gran inconveniente de ahcerte muy muy amigo de una persona, a la que despues le pediras salir) En ese momento yo lo asumi (Como debe ser) y se me paso el enamoramiento.
4. Sin embargo a mi despues de meses me está volviendo a gustar (Este es el gran problema) y parece que ella está respondiendo a mis indirectas amorosas. (Pero eso ya depende de la persona, si no sale mucho con chicos, ni tiene muchar relaciones amorosas, es probable que mese mas tarde, se arrepienta y sienta el deseo de salir con alguien, y esa persona seras tú)
5. Mi problema es que no le quiero volver a pedir salir, ya que seria la segunda, y si me dice que no quedaria muy muy mal. También puede ser el tuyo, ya que si se lo has pedido una vez....(Pero depende de que forma, tienes que pedirle salir de una forma en la que este obligada a contestar,como por una carta)
6. Tienes una gran baza: "muchas veces me dice de ir a su casa a explicarle cosas que no entiende del instituto etc..." tio, ahi tienes la clave, OJALA me pidiera a mi eso, acepta la peticion, y poco a poco vas entrando. Estando tu en su casa, sin amigos ni nada dedicara todo el tiempo para ti, y alli puedes ir enamorandola poco a poco.
Mucha suerte tio