Como diría Jack el destripador... Empecemos por partes.
No hablais en persona pero si por mess y por fono... ¿Cual es el problema que os impide hablar en persona? No debería cambiar su forma de ser por telefono que en persona.
Te pide que le llames tú, por lo cual ya sabe que te importa, y del mismo modo ya sabes que le importas porque quiere hablar contigo todos los dias.
Te define como algo más que compañera... eso tambien te indica que no se trataría de un salto al vacio. Ya sabemos que algo hay.
¿Si es amistad o algo más? Eso sólo lo puedes descubrir tú cuando te decidas a preguntarle y decirle los sentimientos mutuos.
Mi consejo: Reune el valos suficiente para decirselo. El 'no' ya lo tenemos; todo lo que saques desde ahí, bienvenido será.
Si te da 'palo' el decirselo en clase, no pasa nada. Como tienes su mess. y su telefono, queda con él a solas; y entonces es cuando le puedes hablar más tranquilamente.
Piensa que hablar en persona es muy parecido a hacerlo por telefono, con la ventaja añadida de que al verle la cara ya puedes saber un poco sus reacciones y te puede orientar
Suerte y adelante!